土壤里的微生物菌群对农作物生长影响很大，复合微生物肥料能优化这些菌群。在没有使用复合微生物肥料的土壤里，微生物菌群可能不平衡，有害微生物多，有益微生物少。使用复合微生物肥料后，情况就不一样了。​
肥料里的大量有益微生物进入土壤，它们快速繁殖，占据优势地位，挤压有害微生物的生存空间。而且，这些有益微生物能和土壤里原有的有益微生物相互协作，共同促进土壤中养分的转化和释放。比如，能把土壤里难以被农作物吸收的磷、钾元素转化为可吸收的形态。我们村的老农户说：“用了复合微生物肥料，土壤好像变‘活’了，种啥庄稼都长得好，以前一些不适合种庄稼的地，现在也能丰收了。” 优化后的土壤微生物菌群，让土壤更肥沃，农作物生长得更健康。